Alternative Kraftstoffe werden im Hinblick auf die Verknappung der fossilen Energieträger und der durch sie entstehenden Treibhausemissionen, vorallem auch auf die Abhängigkeit von Importen betrachtet, sehr stark gefordert und gefördert. Diese Biokraftstoffe haben zum Teil sehr viel niedrigere Treibhausemissionen als die üblichen Diesel- und Ottokraftstoffe. Dennoch kann der Biomasseanbau auch negative ökologische Auswirkungen haben, wenn dadurch zum Beispiel Ökosysteme und eine erhöhte Düngung einsetzen.

Als bekannteste Biokraftstoffe gelten der Biodiesel, der in Österreich insbesondere aus Raps und Sonnenblumen hergestellt wird. Er kann als reiner Biodiesel genutzt oder dem „normalen“ Kraftstoff beigemischt werden. Ethanol, gewonnen aus beispielsweise Weizen oder Zuckerrüben, kann außerdem dem Ottokraftstoff – zum Beispiel Benzin – beigemengt werden. Außerdem können Fahrzeuge mit Biogas betrieben werden, wenn sie auf Erdgas umgerüstet wurden und das Biogas zu Erdgasqualität aufbereitet wurde.

Die Biokraftstoff-Richtlinie der EU empfiehlt dabei den Einsatz von Biokraftstoffen. Sie sieht den Einsatz von Biokraftstoffen im Transportsektor vor. Bis 2005 sollten 2% der nationalstaatlich verbrauchten Kraftstoffe abgedeckt werden, bis 2010 ist das Ziel 5.75%. In Österreich wurde diese EU-Richtlinie in geltendes Recht umgesetzt. Die Biokraftstoff-Richtlinie wird derzeit im Rahmen der Förderung Erneuerbarer Energieträger überarbeitet. Ziel ist eine erneute Steigerung des Anteils der erneuerbaren Energieträger im Verkehr auf 10% bis 2020. Desweiteren sollen Kriterien erarbeitet werden, die eine nachhaltige Rohstoffproduktion und festgelegte Zielwerte für die Treibhausgasreduktion sicherstellen sollen. In Österreich sollen bis 2010 10% und bis 2020 eine Steigerung auf 20% erreicht sein.

Gemeinsam mit der Novelle der Kraftstoffverordnung wurde auch das Mineralölsteuergesetz überarbeitet. Treibstoffe mit einem Biokraftstoffanteil von 4.4% sind danach steuermäßig begünstigt. Um allerdings von dieser Steuererleichterung profitieren zu können, muss der Kraftstoff zusätzlich schwefelfrei sein. Die Verwendung von reinen Biokraftstoffen ist dabei von der Mineralölsteuer befreit.